La cause des aphtes est encore largement méconnue. Les aphtes sont le symptôme d'une ou de plusieurs pathologies que l'on ignore à ce jour. Les causes des aphtes sont donc inconnues mais en revanche on en connait un certain nombres de facteurs déclenchant qui varient suivant les individus :
Les traumatismes buccaux et l'hygiène buccale
Le stress
Certains aliments
De faibles défenses immunitaires
Arrêter de fumer
Le cycle menstruel
Une allergie à certains médicaments
Certaines maladies comme la maladie de Crohn ou la maladie de Behçet